Bagaimanapun, secara jelas­nya al-Quran dan hadis tidak menentukan secara jelas bentuk ketatanegaraan Islam sehingga menimbulkan pelbagai polemik pemikiran dalam kalangan umat Islam sendiri sepanjang sejarah.

Dalam kalangan pemikiran tokoh-tokoh ketatanegaraan Islam, doktrin politik berkembang berdasarkan anggapan bahawa agama mempunyai dimensi politik secara lurus atau seiring de­ngan ritual beragama atau al-Islam huwa ad-din wa ad-daulah.

Doktrin ini membawa kepada satu rumusan bahawa tidak ada pemisahan antara kekuasaan politik dan agama. Agama dan politik bukan sahaja saling memerlukan bahkan tidak bertentangan – politik melindungi agama dan agama me­ngawal kuasa politik.

Perkembangan selanjutnya mem­bawa kepada istilah kekuasaan yang mana umara dan ulama berada dalam kedudukan yang paling asas. Umara dan ulama melaksanakan fungsinya masing-masing.

Umara berperanan sebagai pe­­milik autoriti politik, ekonomi dan ketenteraan manakala ulama mempunyai peranan se­ba­gai pemilik autoriti hukum dan sosial.

Bagaimanapun, berdasarkan per­jalanan sejarah selepas kewafatan Nabi Muhammad SAW, autoriti hukum telah dipindahkan kepada umara yang mana ulama diberikan tanggungjawab sebagai pemegang autoriti sosial dan moral.

Doktrin ini kemudiannya mula disanggah oleh perjalanan sejarah apabila segelintir pemikir Islam terpengaruh dengan doktrin Kristian yang memisahkan secara radikal konsep negara dan agama – milik Tuhan serahkan kepada Tu­han, milik Kaisar serahkan ke­pada Kaisar, ma lillah wa ma liqaishar liqaishar.

Atas asas pemikiran itulah menyebabkan lahirnya satu bentuk penolakan terhadap khalifah sebagai institusi agama. Ali Abdul Raziq (1888-1966) dianggap sebagai penganjur sekularisme atas percubaannya untuk memisahkan politik dan agama.

Dengan mengemukakan hujah sejarah dan dalil syari’e, beliau memberi amaran bahawa Islam tidak boleh campur tangan dalam urusan kenegaraan dengan me­ngaitkan perjuangan kumpulan salafi.

Idea ini kemudiannya berkembang di dunia Arab dan antara tokoh-tokoh yang lantang mengkritik pembentukan kesepaduan agama dengan politik ialah Farah Antun, Shibli Shumayyil, Salamah Musa, Lutfi al-Sayyid dan Taha Hussayn.

Pertembungan idealisme politik itu telah menyebabkan kekuatan umat Islam di Malaysia dan Nusantara semakin sukar untuk disatukan apatah lagi bila beberapa falsafah pemikiran yang sama sekali meminggirkan pandangan agama.

Kehidupan berpolitik semakin dipengaruhi oleh ragam kepercayaan kepada pelbagai doktrin yang tidak berpijak kepada asas agama, termasuklah doktrin politik yang membawa kepada penyelesaian tidak bermoral, matlamat menghalalkan cara.